会议第二阶段由欧阳晓平院士主持。基础科学中心陈晓红院士、刘合院士、姜涛院士、王安建教授、耿涌教授、袁兴中教授、吴立新教授、陈晓青教授、赵中伟教授、阳春华教授、柳健新教授、李夕兵教授共计12个研究团队分别汇报了各团队的年度进展。围绕中心的研究目标和科学问题，每个团队在2021年都取得了突出的科研成果。

第三、四阶段由基础科学中心首席科学家刘合院士主持。基础科学中心学术委员会主任胡文瑞院士、何继善院士，副主任彭苏萍院士、欧阳晓平院士，委员谢和平院士、桂卫华院士、黄维和院士、赵文智院士、金智新院士、李家彪院士、邵安林院士、卢春房院士、范国滨院士、贺泓院士、杨长风院士、谢玉洪院士、刘泽洪教授等院士和专家，就基础科学中心的已有进展和未来发展进行研讨。院士专家们充分肯定了基础科学中心在2021年取得的卓越成绩，并对中心未来的工作提出了战略性指导意见和建议。